[מובא בפירושו לפסוק א'] (...) וטעם "ויהיו שם כאשר צוני ה'" (פסוק ה), שהיו שם עד שנעשה המשכן, שצוני (שמות כה כא) ונתת את הכפורת על הארון מלמעלה ואל הארון תתן את העדות אשר אתן אליך. וזהו הטוב והישר בפסוקים האלה: (...)(...) וזהו הנכון על דעת רבותינו, כי על דרך הפשט יתכן כי ועשית לך ארון עץ ירמוז לארון שעשה בצלאל. וזה, כי מתחלה נצטווה משה על המשכן וכליו, והיתה המצוה הראשונה ועשו ארון עצי שטים (שמות כה י), כי היא עיקר הכוונה בכל המשכן להיות השם יושב הכרובים. ואחרי כן עשו את העגל, וכאשר נתרצה השם למשה ואמר לו שיכתוב על הלוחות האלו כמכתב הראשון צוהו בקצרה שיעשה ללוחות האלה ארון עץ, היא המצוה לו ללוחות הראשונות. והנה הזכיר לו המצוה הראשונה שבענין המשכן ושהכל תלוי בה, ומזה למד משה לעשות המשכן וכליו כאשר נצטווה מתחלה. ויהיה פירוש ויהיו שם כאשר צוני ה', שהיו שם לעד לעולם, כאשר צוהו ה' מתחלה (שם שם כא-כב) ואל הארון תתן את העדות אשר אתן אליך ונועדתי לך שם ודברתי אתך וגו': והנה ברדתו הניח הלוחות באהל מועד עד שיעשה הארון והמשכן, כי אלו לא שבר הלוחות הראשונות באהל מועד יהיו עד עשות בצלאל הארון. וכן שברי הלוחות על כרחנו שם היו, כי לא החזירם עמו להר. וראיה לזה, שלא הזכיר משה זו הצואה בסדר כי תשא, כי שם הזכיר ארון בצלאל בפירוש, וכאן לא הזכיר המשכן וכליו כי הם הרואים אותו, ולפיכך הזכיר זה בקצרה: ואל יקשה בעיניך שאמר ואעש ארון עצי שטים ואפסל שני לוחות אבנים, כי השלים ענין הארון כאחד, כי הנה צוהו השם פסל לך וגו' ועלה אלי ההרה ועשית לך ארון עץ, שיעלה תחלה בלוחות ואחרי כן יעשה ארון עץ, אבל האריך לומר ואכתב על הלוחות את הדברים אשר היו על הלוחות הראשונים אשר שברת ושמתם בארון לומר שיהיו כראשונות במכתב, וראוי שיהיו בארון המצוה כראשונות שאועד שמה לבני ישראל ונקדש בכבודי, ולכך השלים ואעש ארון, להשלים המצוה והמעשה בקצרה, ואחרי כן שב להאריך במוקדם: וטעם ואפן וארד מן ההר ואשם את הלוחות בארון אשר עשיתי, שעשיתיו ברדתי, ויהיו שם, לעד כאשר צוני ה', להיות כבודו שוכן בתוך בני ישראל:

[מובא בפירושו לפסוק ג'] ואעש ארון. בצווי ויהיה פירוש ויקהל משה וכבר הקהיל משה וכבר הראיתיך רבים כן וכל זה בעבור שאמר ויהיו שם כאשר צוני יי' וזהו ונתת אל הארון את העדות

כאשר צוני ה'. פירוש כל המשך הזמן אשר צוני, והכוונה הוא לו' עד כי יבא זמן שהוציאם מאותו ארון ונתנם בארון שעשה בצלאל:

[מובא בפירושו לשמות פרק כ"ה פסוק ט"ז] יש לשאול הנה הכתוב אמר למשה ונתת אל הארון הלוחות אשר אתן אליך וכתוב ויתן אל משה ככלותו לדבר אתו והנה שברם ולא מלא מצות השם. ויש להשיב אולי בעבור זה אמרו חכמינו כי שברי הלוחות הן מונחים בארון. ואין הכתוב מכחיש דבריהם כי הראשונים והאחרונים לוחות הברית הם. ועוד נוכל להשיב כי הכתוב לא דבר רק על הלוחות השניות. ואין טענה ממלת אשר אתן אליך. כי הנה כתוב גם עליהם ויתנם ה' אלי. ועוד הנה לא מצאנו שיאמר השם למשה שיעשה הארון וישם שם הלוחות הראשונות כי השם יודע כי ישברם משה רק אמר על הלוחות שפסלם משה ועשית לך ארון עץ. וקדמונינו אמרו כי אין זה הארון שעשה בצלאל ונכון הוא. ועל דרך הפשט אינו רחוק בעיני. כי על הארון שעשה בצלאל ידבר וכן כתוב ועשו ארון עצי שטים. ואין טעם לשאול אנה היו מושמים אלה הלוחות עד שהוקם המשכן כי אין צורך להזכיר זה והוצרכתי לפירוש הזה בעבור שהזכיר ואשים את הלוחות בארון אשר עשיתי והנה אם אמרנו כי יספר המעשה כאשר היה אע"פ שלא נדע טעם. למה יזכיר זה. והנה מה נעשה בכתוב אח"כ. ויהיו שם כאשר צוני. וזה לאות כי ידבר על הלוחות ששם משה בארון הברית והם שם עד היום הזה וזה טעם ויהיו שם עד היום הזה. גם לאות ולעד כי ספר התורה לא היה בארון כי בתחלה שם הלוחות בארון. ואחר כן הכפורת עם הכרובים. והנה שכן הכבוד על הכרובים וכתוב יושב הכרובים. א"כ איך ישים משה ספר התורה בשנת הארבעים בתוך הארון אם לא יסיר הכפורת עם הכרובים מעל הארון ואין צורך לכל זה: